Entre las consecuencias a resaltar sobre la Conquista de América están:

• Desaparición de los sistemas políticos y organizativos de los pueblos amerindios.
• Pérdida definitiva de su soberanía.
• Desaparición de numerosas lenguas autóctonas y casi extinción de otras. Las lenguas indo americanas pasaron a un segundo plano y se impusieron definitivamente los idiomas europeos.
• Destrucción de las obras culturales de los pueblos originarios (textos, obras de arte, religiones, templos, ciudades, obras artesanales, monumentos, caminos, memoria, etc.)
• Inferiorización y desprecio por las culturas originarias.
• Inferiorización y desconocimiento de la naturaleza humana de los pueblos originarios al ser reducidos a la categoría de "encomendados" sometidos a colonizadores europeos, en el caso de la conquista española. En el caso de otras experiencias coloniales también fueron en mucho casos desconocidos como seres humanos con los mismos derechos que los europeos.
• La esclavitud: aunque algunos pueblos aborígenes practicaban la esclavitud, los conquistadores establecieron la esclavitud de manera generalizada. Para ello fueron secuestradas alrededor de 60 millones de personas en África de la cuales solo unas 10 millones llegaron con vida a América para ser reducidos a la condición de esclavos.
• Muchas culturas del Nuevo Mundo se conservaron y aumentaron la población aunque también muchas culturas indígenas desaparecieron debido en ocasiones a enfermedades que eran llevadas por los europeos y que eran desconocidas para ellos, y en otras a las conquistas europeas.
• La Conquista de América abrió nuevas vías de comunicación y transporte, sobre todo marítimas entre Europa y América, así como entre distintos puntos de Europa y de América entre sí. Ello llevó a la creación de decenas de puertos oceánicos y fluviales en el continente americano. El trazado de esas vías estuvo influido en gran medida por razones mercantiles, relacionadas con los bienes que los colonizadores extraían en América para ser llevados a Europa, principalmente oro, plata y alimentos, así como la exportación de manufacturas desde Europa y esclavos desde África hacia América.